Самым цёмным і спрэчным перыядам у гісторыі Касцёла прынята лічыць час дзейнасці інквізіцыі. Але нямногія ведаюць, што гэтым тэрмінам акрэсліваўся не адзін і той жа інстытут. На працягу сярэднявечча дзейнічала Папская і свецкая інквізіцыі, які адрозніваліся паміж сабой. Папская інквізіцыя мела справы з ерасямі. Яшчэ адзін інстытут — Рымская інквізіцыя — клапаціўся аб захаванні правільнасці, артадаксальнасці каталіцкай веры.
Але зусім іншай з’явай былі свецкія інквізіцыі, якія дзейнічалі самі па сабе і не падпарадкоўваліся Касцёлу. Такімі інквізіцыямі былі іспанская і венецыянская. З гэтых дзвюх сваёй жорсткасцю і фанатычнасцю асабліва праславілася іспанская, хоць навукоўцы ўказваюць на перабольшванні, якія існуюць пры апісанні яе злачынстваў. Аднак факт застаецца фактам — у большай ці меншай меры, але злачынствы былі. На жаль, пераважная большасць людзей лічыць, што адказнасць за іх ляжыць на Касцёле, хоць на самой справе, паўтаруся, гэта быў свецкі інстытут, які падпарадкоўваўся не Папу, але свецкім манархам.

У 1474 г. два іспанскія каралеўствы, Кастылія і Арагон, аб’ядналіся ў адно, дзякуючы шлюбу каралевы Ізабэлы і караля Фердынанда ІІ. Гэтая пара імкнулася завяршыць Рэканкісту — вызваленне іспанскіх земляў, некалі заваяваных мусульманамі. Да 1492 г. каралеўскія войскі здолелі адваяваць усе апошнія бастыёны маўрытанаў на Пірынейскім паўвостраве. Цяпер справа заключалася ў тым, каб зрабіць Іспанію моцнай і ўнутрана адзінай. Ізабэла і Фердынанд ведалі, што для ўмацавання каралеўства важна, акрамя добрага войска, узмацніць ідэнтычнасць грамадзян і змагацца з ворагамі ўнутры дзяржавы.

Тагачасная Іспанія была сапраўдным кангламератам народаў і культур. Тут жылі нашчадкі кельтыбераў, фінікійцаў і рымлянаў, вандалаў і вестготаў, былі маўры і яўрэі, хрысціяне і мусульмане. Нямецкі гісторык Міхаэль Хэзэман сцвярджае, што да іспанцаў у Еўропе было пагардлівае стаўленне — іх лічылі метысамі і не хрысціянамі. Таму жаданнем каралёў было аб’яднаць свой народ на фундаменце адной ідэнтычнасці — каталіцкай.

Напачатку Ізабела і Фердынанд прымусілі пакінуць краіну мусульман, затым яўрэяў. Тут яны дзейнічалі па прыкладзе Англіі і Францыі, адкуль яўрэяў прагналі яшчэ ў перыяд 1290–1360 гг. Гэты народ у Іспаніі займаўся пераважна фінансавымі пытаннямі, і часта яго прадстаўнікі былі нават дарадчыкамі каралёў у гэтай сферы. Яўрэі займаліся выдачай грошай пад працэнты, таму гэта выклікала не вельмі добрае стаўленне да іх. Яшчэ ў 1391 г. у Іспаніі адбыўся першы «пагром», выкліканы павышэннем падаткаў: людзі абвінавачвалі ў гэтым менавіта прадстаўнікоў «абранага народа».

Калі «каталіцкая каралеўская пара» Фердынанд і Ізабэла пачалі выганяць яўрэяў з краіны, тыя, хто меў грошы, беглі ў Партугалію. Многія былі прыняты ў Папскай дзяржаве. Цікава, што тут іх абарону гарантаваў адзін з самых спрэчных у гісторыі папаў Аляксандр VI Борджа. Але, канешне, усе яўрэі пакінуць Іспанію не маглі. Многія з іх, каб не згубіць сваю Айчыну, пераходзілі ў хрысціянства. Іх называлі «conversos» ці «marrani». Кожны меў для гэтага свае прычыны — хтосьці пераходзіў з перакананняў, іншыя са страху, а нехта і з практычных намераў.

Каб адрозніць па-сапраўднаму навярнуўшыхся яўрэяў ад прытворных, каралі пажадалі задзейнічаць інквізіцыю. Яны звярнуліся да папы Сікста IV за дазволам стварыць яе ў Севільі, але той адмовіў. У адказ каралеўская пара з дапамогай палітычнага і ваеннага ціску прымусіла Пантыфіка пагадзіцца. Іспанская інквізіцыя адразу стала інстытутам, цалкам падкантрольным Фердынанду і Ізабэле. Яны прызначалі інквізітараў згодна з іх палітычнай лаяльнасцю і кіравалі іх дзейнасцю. У выніку пасля года такой актыўнасці ў Севільі было спалена на вогнішчах 288 «прытворных яўрэяў», а іх маёмасць канфіскавана.

Многія іспанскія біскупы заклікалі Папу зрабіць што-небудзь. У 1482 г. ён спецыяльнай булай акрэсліў межы дзейнасці іспанскай інквізіцыі і асудзіў яе празмерную жорсткасць. Пантыфік пісаў: «многія сапраўдныя і верныя хрысціяне (…) былі без усялікіх законных прычын кінуты ў вязніцу, катаваны і асуджаны як ерэтыкі-рецыдывісты». Сікст IV загадаў каралеўскай пары перадаць кантроль над інквізіцыяй у рукі біскупаў, але яна адмовілася. Іспанская інквізіцыя падпарадкоўвалася духоўніку каралеўскай сям’і дамініканіну Тамашу дэ Таркемада — славутаму персанажу, які стаў правобразам Вялікага інквізітара ў рамане Дастаеўскага «Браты Карамазавы».

Апошні быў чалавекам няпростым. Таркемада да XVIII ст. лічыўся нацыянальным героем для іспанцаў, але па-за межамі краіны — сапраўдным злачынцам. Ён стаў галоўным персанажам «чорных легенд» аб іспанцах і католіках, прыдуманых у Англіі і Францыі. У іх Таркемада прадстаўляўся жорсткім, прагнучым крыві, неталерантным і фанатычным. Але ў рэальнасці гэты інквізітар быў верным каралеўскай пары аскетам, які адмовіўся ад усіх зямных задаваленняў і дабротаў і клапаціўся аб сваёй рэпутацыі сумленнага і некарумпаванага чалавека. Ён, як і іншыя інквізітары, канешне, караў небяспечных і закаранелых ерэтыкоў, але заўсёды даваў магчымасць падазраваным прымірыцца з Касцёлам, практыкаваў іх публічнае адрачэнне ад памылковых поглядаў, якое адбывалася на гарадскіх плошчах і называлася «autodafe» — «вызнанне веры».

Аб тым, што апісанне злачынстваў іспанскай інквізіцыі было перабольшана, сведчаць дакументы, знойдзеныя ў 2004 г. у Ватыканскім сакрэтным архіве. У іх гаворыцца, што ў Іспаніі да XVII ст. было праведзена 44 647 працэсаў. На пачатку большасць з іх тычылася яўрэяў, затым пратэстантаў і агентаў варожых краін. Толькі ў 800 выпадках, гэта 1,8% працэсаў, справа заканчвалася смяротным прысудам. Таму дадзеныя аб дзясятках тысяч закатаваных і спаленых вальнадумцах, канешне, з’яўляюцца выдуманымі з прапагандысцкімі мэтамі. Ніводная аўтэнтычная гістарычная крыніца гэтага не пацвярджае, нават у адносінах да такога «палітычнага» інстытута, як іспанская інквізіцыя.